Bokserski trener Anđelo Dandi sportske posledice te odluke objasnio je na sledeći način: „Ukrali su mu tri najbolje godine njegove karijere. Kada je bio na vrhuncu nije mogao da boksuje.“ Ipak, čini se da Muhamed Ali nije puno mario za to. On je smatrao da je ta njegova odluka mnogo bitnija od sportske karijere koju rizikuje. Iako je prethodno regrutovan za vojsku, 1964. godine Muhamed Ali nije prošao prijem za oružane snage SAD-a zbog disleksije, ali će dve godine kasnije kriterijumi za prijem u vojsku SAD-a biti sniženi zbog rata u Vijetnamu, pa će i Ali dobiti poziv da se pridruži oružanim snagama…
Muhamed Ali je odbio da učestvuje u ratu u Vijetnamu
Kada je saznao da će dobti poziv da se pridruži vojsci SAD-a u ratu u Vijetnamu, Muhamed Ali je počeo javno da govori da to nikada neće uraditi: „Ne želim da idem u rat u zemlju koju moram da tražim na karti, samo zato, jer mi neko tako kaže. Neću da ubijam decu, žene, civile, niti bilo koga, samo zbog drugačijeg političkog sistema od američkog. Niko iz Vijetkonga me nije nazvao „crncem“. Samo 50 metara dalje od studija u kojem sedim, moju crnu braću tuku na ulici, jer su „obojeni“. Ne mogu da sednu u „deo autobusa za belce“ i nikoga nije briga. Ako je to demokratija za koju treba da se borim – neću ići u Vijetnam! To nije moj rat!“
Ipak, i pored toga što je javno govorio da neće učestvovati u ratu, Muhamed Ali je krajem aprila 1967. godine pozvan da se pojavi u sedištu oružanih snaga SAD-a u Hjustonu, gde je u to vreme živeo. On se na iznenađenje nekih odazvao pozivu. Međutim, odbio je da ustane i priđe nakon što je njegovo rođeno ime (Kasijus Klej) prozvano tri puta. Službeno lice ga je tada upozorilo da ukoliko se ne odazove pozivu da mu preti kazna od pet godina zatvora i 10.000 dolara zbog nepoštovanja zakona. Međutim, ni kada su ga sledeći i poslednji put prozvali, Muhamed Ali nije želeo da ustane. Svoju odluku objasnio je navodno sledećim rečima: „Nemam problema sa Vijetnamcima. Oni me nikada nisu nazvali crnčugom!“ Muhamed Ali je ubrzo posle toga uhapšen. Istog dana mu je oduzeta i bokserska licenca, tako da više nije moga da učestvuje u profesionalnim bokserskim mečevima.
Ali je možda izgubio i najbolje godine karijere
Nepuna dva meseca kasnije, sud je doneo odluku, na suđenju pred potpuno „belom“ porotom, da zbog odbijanja da se priključi vojsci SAD-a, Muhameda Alija osudi na kaznu zatvora od pet godina. Pošto je odmah uložena žalba i plaćena kaucija, Ali nije išao u zatvor. Tek četiri godine kasnije je i zvanično oslobođen, jednoglasnom odlukom vrhovnog suda. Ipak, Muhamed Ali pune tri ipo godine nije mogao da uđe u ring, pre nego što mu je konačno vraćena licenca. Izgubio je po mnogima najbolje godine karijere. Za to vreme je često javno govorio o besmislu rata u Vijetnamu. Govorio je i o veliki rasnim problemima u Americi i ugnjetavanju tamnoputih ljudi.
Zbog svog stava o ratu u Vijetnamu, Muhamed Ali je u prvo vreme kod mnogih u SAD-u smatran izdajnikom i čovekom koji nije lojalan svojoj domovini na pravi način, ali će se stav američke javnosti prema za mnoge besmislenom ratu u Vijetnamu ubrzo promeniti. Tako će i Muhamed Ali za relativno kratko vreme preći put od izdajnika do heroja.
Kada se konačno vratio u ring i nastavio da beleži fantastične rezultate, pa je i kasnije u legendarnom meču u Manili savladao Frejzera, zbog svog antiratnog stava Muhamed Ali je kod većine navijača postao još veći heroj. Mnogi stručnjaci smatraju da su ga njegov stav o ratu u Vijetnam, borba za rasnu jednakost, kao i pre svega nestvarno boksersko umeće, učinili najvećim i najuticajnijim sportistom svih vremena.